میکروتوم چرخشی
این دستگاه متداولترین طراحی برای میکروتوم است. در این دستگاه تیغه بصورت افقی نصب می شود. با حرکت چرخشی توسط تعدادی چرخ دنده نمونه به سمت جلو حرکت می کند. در بسیاری از میکروتوم ها این حرکت چرخشی توسط چرخ انجام می گیرد. ضخامت برش در این نوع میکروتوم در حدود ۰/۵ میکرومتر است.
میکروتوم برش بافت نرم Cryomicrotome
برای برش بعضی از بافت های نرم که درون پارافین قرار داده می شود استفاده می شود. برش زدن توسط میکروتوم های معمولی منجر به ایجاد نا صافی یا له شدگی در سطح بافت می شود. برای برش زدن در این شرایط از این نوع میکروتوم استفاده می شود. در این میکروتوم از نیتروژن مایع استفاده می شود. نمونه ممکن است پس از مرحله Clearing درون دستگاه قرار داده شود. وجود نیتروژن مایع سبب کاهش دمای بافتی می شود. در نتیجه نمونه منجمد می شود و سختی آن افزایش می یابد. در چنین شرایطی برش های بهتری را می توان انجام داد. در این دستگاه دمای نمونه و دمای تیغه قابل کنترل است.
میکروتوم دقت بالا (Ultramicrotome)
در این میکروتوم می توان برش هایی با ضخامت نازک تهیه کرد. ساختمان آن شبیه به میکروتوم چرخشی است اما دقت بالاتر این برش ها برای میکروسکوپ های T.E.M بسیار اهمیت دارد. این دستگاه قابلیت برش هایی با ضخامت بین ۴۰ تا ۱۰۰ نانومتر را دارا می باشد. در این نوع میکروتوم ها از تیغه های الماس استفاده می شود که برش آنها بسیار دقیق تر از تیغه های استیل است.
میکروتوم لرزشی (Vibrating microtome)
میکروتوم لرزشی از یک تیغه در هنگام لرزش برای برش استفاده می کند. این عمل منجر می شود تا فشار کمتری درهنگام برش به تیغه وارد شود. از این میکروتوم برای بافت های بیولوژیک که بافت های سخت هستند بکار برده می شوند. ضخامت برش ها در این نوع میکروتوم بین ۳۰ تا ۵۰۰ میکرومتر است.
میکروتوم لیزری :(Laser microtome)
میکروتوم لیزری برای برش نیاز به مراحل جداسازی؛ منجمد کردن یا ثابت سازی پیچیده شیمیایی را ندارد و نسبت به بقیه تکنیک ها کیفیت برش های بهتری دارد. با استفاده از این میکروتوم می توان بافت های دندان و دهان را با ضخامت نازک برش داد. در این دستگاه از لیزر مادون قرمز استفاده می شود و از آنجایی که لیزر قابلیت متمرکز شدن را دارد، برش های بسیار دقیقی را می توان توسط آن انجام داد.
